今までファイル比較は『WinMerge』を使っていたんですが、
eclipseの比較機能を使ってみたら、とても使いやすかったのでメモ。

パッケージエクスプローラ上で
ctrl＋クリックで比較したいファイルを2つ選択して・・・キャプチャ
右クリック→比較→相互を選択すればOK。

キャプチャ
『＞』を押すと左から右へコピー。
『＜』は右から左へコピー。

シンプルで使いやすい！